Trước khi nhà nước liên bang Thụy Sĩ được thành lập vào năm 1848 thì cơ quan trung ương duy nhất của Thụy Sĩ là Nghị viện Liên bang. Sau Chiến tranh Liên minh độc lập vào năm 1847, Nghị viện Liên bang được giao nhiệm vụ soạn thảo một bản hiến pháp liên bang cho Thụy Sĩ. Vấn đề cơ cấu tổ chức của cơ quan lập pháp có những ý kiến trái chiều, cụ thể là cách phân bổ số nghị sĩ cho mỗi bang: phe cấp tiến từ những bang lớn nhất đề nghị số nghị sĩ của mỗi bang tỉ lệ thuận với dân số của mỗi bang nhưng những bang nhỏ lo sợ sẽ bị yếu thế. Sau một khoảng thời gian tranh luận dài, hai bên thỏa hiệp chọn chế độ lưỡng viện của Quốc hội Hoa Kỳ: cơ quan lập pháp sẽ gồm có hai viện bình đẳng về quyền hạn, quyết định của cơ quan lập pháp phải có sự đồng ý của hai viện. Viện Quốc dân là cơ quan đại biểu của nhân dân Thụy Sĩ, gồm có những nghị sĩ được bầu ra từ các bang, số nghị sĩ được phân bổ tỉ lệ với dân số của mỗi bang. Viện Liên bang là cơ quan đại biểu của các bang, gồm có cùng một số lượng nghị sĩ từ mỗi bang, giống như Nghị viện Liên bang. Hiến pháp Thụy Sĩ năm 1848 quy định Quốc hội Liên bang là "cơ quan quyền lực nhà nước cao nhất của Thụy Sĩ".[1]

Tháng 6 năm 1848, Nghị viện Liên bang thông qua dự thảo hiến pháp. Ngày 12 tháng 9, hiến pháp Thụy Sĩ được ban hành sau khi được các bang chấp nhận. Nghị viện Liên bang tuyên bố tự giải tán theo quy định chuyển tiếp của hiến pháp vào ngày 22 tháng 9. Bầu cử Quốc hội Liên bang được tổ chức thành công vào tháng 10 năm 1848 tại các bang tuy xảy ra một vài trường hợp xung đột, đặc biệt là ở bang Fribourg. Phe cấp tiến trúng cử hơn ba phần tư số nghị sĩ Viện Quốc dân và 30 trong số 44 nghị sĩ Viện Liên bang. Ngày 16 tháng 11 năm 1848, Quốc hội Liên bang bầu ra Hội đồng Liên bang đầu tiên của Thụy Sĩ.

Từ khi các quyền trưng cầu ý dân, quyền đề xướng luật lệ của nhân dân được bổ sung vào hiến pháp Thụy Sĩ vào năm 1874 thì Quốc hội Liên bang trở thành "cơ quan quyền lực nhà nước cao nhất của Thụy Sĩ dưới các quyền lợi của nhân dân và các bang".

Cơ cấu tổ chức của hai viện Quốc hội Liên bang không có những thay đổi đáng kể từ khi được thành lập. Số nghị sĩ Viện Quốc dân ban đầu là 111[1] nhưng tăng tỉ lệ với dân số Thụy Sĩ cho đến khi được cố định là 200. Nhiệm kỳ của nghị sĩ Viện Quốc dân ban đầu là 3 năm nhưng được tăng lên 4 năm vào năm 1931. Từ năm 1918, chế độ bầu cử của Viện Quốc dân là đại diện tỉ lệ.[2] Năm 1979, Viện Liên bang được bổ sung hai nghị sĩ đại diện cho bang Jura vừa được thành lập.